離子排阻色譜法具有靈敏、快速、簡便易行的優點，已廣泛應用于化學、能源、環保、電子工業、食品、醫藥衛生、造紙、石油化學、紡織等領域中，完成了陰離子、陽離子、過渡金屬、有機酸、氨基酸和肽類等數百種離子和化合物的分析。以下重點敘述離子色譜法在醫藥研究中的應用。
制藥生產過程中需要高純水。采用離子排阻色譜法能很快地檢測出一般離子性雜質的濃度。雖然當離子濃度低到一定限度時（NaCl 1ppb）電導率不再隨濃度變化，用其它方法分析各種ppb級的離子也是不可能的，但IC分析可以通過濃縮柱富集，能夠高精度地分析ppb級的離子。所謂濃縮柱法，是用裝有與分離柱內相同樹脂的短柱代替試樣室，使一定量的試樣水流過這種短柱富其中的離子，然后用洗脫液溶出，再用分離柱分離分析。