盆底功能的異常是由神經和（或）肌肉異常所致。
1.出口梗阻性便秘
（1）出口梗阻性便秘 病人表現為糞便通過肛管極其困難，排便費力。病因和機制不很清楚，可能是一組多源性功能障礙。①肛門痙攣 排便困難是由于盆底橫紋肌，主要是恥骨直腸肌和肛門外括約肌不能松弛。有時在排便時恥骨直腸肌的活動反而增強，喪失協調運動，以致會陰下降不全，引起排便困難、排便不徹底、肛門疼痛。②成人型巨結腸 是由于肛門直腸交界處缺乏某些神經節細胞，糞便抵達直腸不易引起肛門直腸抑制反射，難以發動排便。③肛門直腸感覺障礙 由于長期過度用力排便損傷了會陰神經，造成在直腸充盈擴張時便意遲鈍，感覺閾升高，且多伴肛門外括約肌和直腸恥骨肌對直腸充盈擴張的反應障礙，引起排便困難。④會陰下降綜合征 由盆底肌群肌力減弱引起，可能因衰老或神經受損所致。分娩時容易損傷支配恥骨直腸肌的骶神經（S3和S4），盆底肌群一旦減弱，任何用力都可引起會陰明顯下降，致使直腸擴張，過多的直腸黏膜突入直腸內，常有排便不暢、經常有便意感，排便常用力。
2.直腸膨出
直腸膨出系直腸前壁疝入陰道后壁。可無癥狀，但多數表現為排便困難，也有些主訴肛門疼痛、糞便滲漏、肛門出血等，還有陰道脫垂、尿失禁等其他癥狀。
3.直腸脫垂
直腸脫垂可表現為前壁黏膜脫垂。過度用力可造成直腸套疊。直腸套疊或脫垂的頂部緊緊套進盆底而受創傷，引起直腸孤立性潰瘍。可引起出血、肛內疼痛、排便障礙等。
4.慢性肛門疼痛綜合征
主要有肛提肌綜合征、痙攣性肛門痛、尾骨痛、會陰下降綜合征、慢性特發性肛門痛。其中，痙攣性肛門痛病因是肛提肌、尾骨肌痙攣，遺傳性肛門內括約肌肌病也可能和疼痛有關，此外，乙狀結腸收縮也可能起作用。尾骨痛是功能性的，病因不清。
5.特發性大便失禁
又稱為神經源性大便失禁，其病因是支配盆底橫紋肌及肛外括約肌的神經進行性損害及內括約肌功能減退。大多數病人肛門靜息壓及縮窄壓下降，肛外括約肌肌電異常，提示神經病變為其基礎。