鹽酸甲砜霉素甘氨酸酯臨床主要用于呼吸道感染，傷寒，泌尿道、膽道、腸道感染，亦可用于慢性支氣管炎等肺部繼發性細菌感染。
鹽酸甲砜霉素甘氨酸酯在體內能迅速水解釋放出甲砜霉素而發揮抗菌活性。在治療氣管炎和支氣管炎等肺部繼發性細菌感染時甲砜霉素甘氨酸酯鹽酸鹽可通過吸入和呼吸道內注射給藥，甲砜霉素可以口服也可以肌注及靜注。口服劑量為每6或8小時250到500mg6。
⒉1支氣管炎6：一天三次250mg甲砜霉素甘氨酸酯服用3到4周，20位日產60g以上痰的15名病人取得治療成功，另外21名日產痰量更多的病人中的5位取得成功。大約有1/3的病人先出現好轉后又復發。氣管內直接注射甲砜霉素500mg每天1到3回：⑴喉管內注射，15名病人中的10名取得成功但后又多次復發。⑵通過環甲軟骨膜注射14例病人中的11例取得成功但后又多次復發。⑶通過插入環甲軟骨膜中的一根精細聚乙烯管注射，并把它留在原處達二個月，10名病人中的8名取得成功但后有6名復發。
⒉2淋菌6：580名淋菌感染者中的大多數在單劑量口服甲砜霉素每天2.5g連續5天后消除，其中有11名在服用甲砜霉素后無反應,而后發現攜帶為耐甲砜霉素的淋菌菌株。
⒉3免疫抑制6：單劑量口服甲砜霉素每天2g持續16天，6位傳染性狼瘡和腎小球腎炎病人中的4位病癥消退，時間持續9個月到3年不等。
⒉4膽道感染6：肌肉注射甲砜霉素甘氨酸酯1g后每小時注射500mg，血漿、尿液及膽中濃度都很高，所以甲砜霉素可用于膽道外科手術后的預防和治療。
⒉5甲砜霉素治療無合并癥的淋病45例2：45例無合并癥的淋病病人，男性35例，女性10例服用甲砜霉素每日三次每次250mg，連服4天，服后5-8天再次復診，作涂片和培養。觀察臨床表現，癥狀消退時間，有無不良反應。并根據衛生部疾病控制司制定的標準判定療效。45例患者痊愈43人，2例不愈，治愈率為95.56%。43例治愈病人中2天臨床癥狀基本消退，服藥后3天痊愈。2例治療失敗者均為女性，服藥3天以后外陰瘙癢，白帶明顯減少，但復查時其培養仍為陽性。不良反應：所有病人未出現惡心、嘔吐、胃部不適、頭暈等不良反應。
⒉6甲砜霉素對淋病、非淋菌性尿道炎及混合感染療效觀察2：用甲砜霉素1.5g首次頓服，3日后再次頓服1.5g的方案治療淋病28例，非淋菌性尿道炎（NGU)70例和混合感染22例，總治愈率達89.17%，該藥對淋球菌的陰轉率為84.00%，衣原體的陰轉率為97.06%，支原體的陰轉率為82.05%。
鹽酸甲砜霉素甘氨酸酯臨床顯示其療效高、安全的特性，并可治療多種病原體的感染，供臨床選用。該注射用鹽酸甲砜霉素甘氨酸酯屬國內獨家，市場前景非常樂觀。