大多數原發性免疫缺陷病源于遺傳,終生患病.其預后變化很大,某些免疫缺陷病可用干細胞移植治療，大多數抗體缺陷或補體缺陷的患者若能及早診斷,正規治療,不伴有慢性疾病(如肺部疾病)有較好的預后,壽命與正常人相仿。其他免疫缺陷病人如吞噬細胞疾病,聯合缺陷病或抗體缺陷疾患的慢性感染會影響其壽命。大多數患慢性病病人需積極治療(如靜脈注射IgG,抗生素,體位引流,手術等)。有一些免疫缺陷病人預后差,壽命短(毛細血管擴張性共濟失調,未經移植的嚴重聯合免疫缺陷病)等。
