重復給藥的毒性研究提示伏立康唑的靶器官為肝臟。與其他抗真菌藥相似，實驗動物發生肝毒性時的血漿暴露量相當于人用治療劑量所達到的暴露量。大鼠、小鼠和狗的實驗發現伏立康唑也可誘導腎上腺發生微小病變。其它對安全性藥理學、生殖毒性和潛在致癌性的常規研究未發現伏立康唑對人體有特殊危害。
生殖研究表明，伏立康唑的全身暴露量相當于人用治療劑量所達到的暴露量時，對大鼠具有致畸作用，對家兔具有胚胎毒性。在分娩前和分娩后的研究中，給予大鼠低于人用治療劑量所達到的暴露量后，大鼠妊娠時間延長，分娩時間延長，引起難產導致母鼠死亡，圍產期幼鼠存活率降低。與其他唑類抗真菌藥相仿，伏立康唑影響分娩的機制很可能有種屬特異性，其中包括降低雌二醇的水平。
在賦形劑磺丁倍他環糊精鈉（SBECD）的臨床前資料中，重復給藥的毒性研究表明，SBECD主要影響尿道上皮細胞空泡形成以及激活肝臟和肺內巨噬細胞。因為在豚鼠最大化試驗（GMPT）中得到陽性結果，處方者應當了解靜脈制劑有引起過敏的可能性。基因毒性和生殖毒性表明賦形劑SBECD對人類沒有特殊的危害。尚未進行SBECD致癌性的研究。SBECD中有一種雜質為烷基化誘變劑，有證據表明其對嚙齒類動物有致癌性，所以應當認為這種雜質對人體也有致癌的可能性。根據上述研究結果，靜脈制劑的療程不應超過6個月。