為了保證免疫熒光組織化學染色的準確性，排除某些非特異性染色，必須在初次試驗時設置對照：
1、直接法
（1）標本自發熒光對照
標本只加PBS或緩沖甘油封片，熒光顯微鏡觀察組織內如果有熒光，稱為自發熒光。
（2）抑制試驗
可分為一步方法和二步方法。
一步抑制方法：先將熒光抗體與過量未標記特異性抗體作等量混合，再加在標本上染色，結果應為陰性。
二步抑制方法：標本先加未標記的特異性抗體，水洗后再加標記熒光抗體，結果應呈陰性或明顯減弱的熒光。
（3）陽性對照
用已知陽性標本做直接法免疫熒光組織化學染色，結果應呈陽性熒光。如對照1和2無熒光或弱熒光，3待檢查標本呈強熒光即為特異性陽性熒光。
2、間接法
（1）自發熒光對照：同直接法。
（2）熒光抗體對照：標本只加間接熒光抗體染色，結果陰性。
（3）抑制試驗：同直接法。
（4）陽性對照：同直接法。
結果：如對照（1）、（2）、（3）均呈陰性，陽性對照和待檢標本呈陽性熒光則為特異性熒光。
3、補體法
（1）自發熒光對照
（2）熒光抗體對照
（3）抑制試驗
（4）補體對照：取新鮮豚鼠血清1:10稀釋，先作用于標本，洗后再用抗補體熒光抗體染色，結果陰性。
（5）抑制試驗：標本加滅活的第一抗體，再加1:10稀釋的新鮮豚鼠血清孵育后，再加未標記的抗補體血清與抗補體熒光抗體等量混合稀釋液，結果應為陰性。
（6）陽性對照。
（1）~（5）結果陰性，（6）待檢標本陽性時，則為特異性熒光。