苯扎貝特常見的不良反應主要有食欲缺乏、惡心和胃部不適等胃腸道癥狀，一般多為一過性，癥狀較輕者不需停藥。少數患者有輕度皮膚瘙癢、蕁麻疹、皮疹、脫發、頭痛、頭暈、失眠、性欲減退，多見于服藥之初的幾個月之內，通常繼續服藥可自行消失，若癥狀明顯，則應減低劑量或停藥。偶見個別患者伴有血清CK活性增高的肌炎樣肌痛、肌肉抽搐，嚴重者系藥物性骨骼肌溶解癥，如發生這樣的情況應及時停藥。
