盡管低聚異麥芽糖對人體無任何副作用,但它與某些藥物一起服用時會產生一些不良反應,致使胃部不適,所以,服用藥物和低聚異麥芽糖的時間最好間隔2小時。另一方面,低聚異麥芽糖屬于非發酵性糖物,與藥物一起服用會阻礙人體對藥物的吸收,降低藥效。