診斷：根據臨床表現應懷疑本病，但肯定診斷尚需作腸黏膜胰酶活性測定及有關糖的耐量試驗。尚可根據治療反應來作出診斷，禁食相應糖后癥狀即可緩解。
實驗室檢查：
1.糞便檢查 酸性糞便，pH 5.0～6.0。
2.乳糖耐量試驗 乳糖50g 加溫水400ml 空腹服下，于服前及服后15、30、60、90 及120min 抽血測定血糖，在試驗過程中及試驗后數小時內，觀察病人癥狀變化并檢查糞便性質。血糖檢查升高＞1.4mmol/L 者為正常，＜1.1mmol/L 者為異常，在1.1～1.4mmol 者不能肯定。乳糖試驗不正常的病人，在試驗過程中或在試驗以后常有以下癥狀：絞痛(45.4%)、腹瀉(36.4%)、腹脹(18.2%)。有上述癥狀者占66.7%。
3.乳糖氫呼吸試驗 口服乳糖1g/kg，呼氣中氫超過基線20×10-6示乳糖吸收不良。乳糖在腸腔內發酵產生過多的水，乳糖酶是基因水平調節的，Ⅰ型是乳糖酶根皮苷水解酶在mRNA 水平有減低；Ⅱ型是翻譯后處理有異常而潴留在內質網內。這種低乳糖酶是屬于常染色體隱性遺傳。其他輔助檢查：小腸黏膜活檢：小腸黏膜活檢測定乳糖酶，顯示活力低下。