與木聚糖酶類似，β-甘露聚糖酶也可由多種生物分泌， 這些生物包括 Littorina brevicula（一種低等海洋動物）、魔芋（天南星科植物）、豆角類植物、微生物等。 不同來源的 β-甘露聚糖酶底物特異性、蛋白一級結構、基因序列及酶學性質都有一定差異。 然而飼用甘露聚糖酶主要來源于微生物（包括細菌、放線菌和真菌），原因是該來源的 β-甘露聚糖酶具有活性較高、提純方便、最適溫度和 pH 值范圍較廣等特點。 研究較多的 β-甘露聚糖酶來源于木霉、 酵母、曲霉（黑曲霉和黃曲霉）、芽胞桿菌（枯草芽胞桿菌和地衣芽胞桿菌）、弧菌、假單細菌、嗜熱桿菌、鏈霉菌等。